製作果凍時，最常使用一種稱為吉利丁的粉狀物。
那麼，吉利丁究竟是什麼呢?
事實上，這是一種從脊椎動物的骨頭或結締組織裡含有的膠原蛋白提煉出來的動物性蛋白質成份。
平常煮魚的時候，冷掉的湯汁會凝固起來，就是因為魚裡所含有的膠原蛋白溶進醬汁裡，變成吉利丁的緣故。
蛋白質是由約20種的胺基酸分子串聯成一長條構成的。而膠原蛋白裡20種胺基酸中，甘氨酸（glycine）的比例最多，不含胱胺酸（cystine）及色氨酸（tryptophan），這兩種特徵的蛋白質所組成。蛋白質的結構就像辮子，是由三股蛋白質束相互交纏而成。這個長長的蛋白質鏈一遇到酸、鹼或是加熱處理，鏈狀結構就會崩解分散，成為液狀吉利丁。
果凍或是燉肉、煮魚的湯汁在熱的時候都是液狀的，一旦冷卻下來就會凝結成凍。這是因為吉利丁裡的蛋白質一遇到熱，結構就會崩解，一冷卻又會回復成三股一束的狀態，不論重複加熱與冷卻幾次，結果都會一樣。
只是當我們嘗試使用新鮮的水果或是100％的濃縮果汁做果凍，卻常常會遇到果凍無法凝結的狀況。
到底為什麼加入新鮮的水果或果汁，吉利丁就無法凝結了？
有一些水果含有能夠分解蛋白質的酵素。例如，鳳梨所含的鳳梨酵素（bromelain）、奇異果所含的含硫蛋白分解 （actinidin）等，可以分解蛋白質的酵素。這些酵素會把長鏈狀的蛋白質切斷，使得果凍無法凝結成凍。換句話說，只要使用不含蛋白質分解酵素的水果，就能夠順利做出果凍。
把新鮮的奇異果切片與加熱過的奇異果切片分別放在果凍上，經過約個小時後，新鮮奇異果切片裡的酵素會讓果凍溶解成液狀，而加熱過的奇異果切片下的果凍還是保持原狀。
由此可知，因為加熱會破壞水果裡的分解酵素，所以果凍才不會因此化掉。如果用鳳梨來做同樣的實驗，也會得到相同的結果。
其他還有哈密瓜、柳丁等，也是含有蛋白質分解酵素的水果，如果要用這些水果來做果凍，必須先把水果加熱，或是使用罐頭水果來製作。
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